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竹石生物推出基于FASTASeq 300测序仪的甲基化整体解决方案
时间:
2024-12-04
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作为表观遗传的重要调控机制,DNA甲基化在动物胚胎发育、衰老、各种疾病以及植物发育等过程中起到关键作用。甲基化测序技术可以达到单碱基分辨率,被广泛应用于全基因组甲基化图谱研究、诊断标志物和治疗靶点筛选、生命过程机制研究和农学研究等领域。



近日,竹石生物基于永利娱场城官网首页入口高通量基因测序仪FASTASeq 300开发了甲基化检测整体解决方案。该解决方案中的酶转法DNA甲基化建库方法,很好地解决了传统盐转试剂盒在研究cfDNA样本类型时所带来的数据Bug问题。该甲基化解决方案可为研发企业、研究单位提供高保真的DNA甲基化数据,助力研发及研究目标的实现。


竹石生物推出基于FASTASeq 300测序仪的甲基化整体解决方案






竹石生物甲基化整体解决方案优势



高质量文库:单链建库技术,先转化后加接头,确保文库高度完整性和优异的测序质量。


高转化率:转化率>99%,并保持样本和批次间的高度稳定。


甲基化高保真:基于专利酶转全基因组甲基化测序(酶转WGMS)技术,达到cfDNA插入片段上的甲基化从头至尾高保真效果。


更多的甲基化位点:酶转WGMS比全基因组亚硫酸氢盐测序(盐转WGBS)检测到更多CpG位点并获得更高的有效覆盖深度。


低DNA起始量:DNA起始量可低至1ng,可获得稳定的文库和测序数据产出,以及稳定的转化率和保护率。





FASTASeq 300亮点


FASTASeq 300测序仪已实现“甲基化0%平衡文库掺入”高质量测序,这意味着在不掺入专用平衡文库的条件下,FASTASeq 300依然能够提供高质量的测序数据。在0%PhiX平衡文库掺入的条件下,Q30均值≥92%、单index测序数据拆分率均值≥98%,与跟碱基平衡文库混合测序的进口测序平台数据表现相当。


FASTASeq 300整体特点如下:

极致灵活——灵活应对各种应用场景

4种芯片规格,支持SE50-PE300/SE400多种读长


支持自定义数据输出节点


支持机内自动加载和手动分流道加载文库

极简操作——简单操作,轻松测序

预混试剂,即放即用


耗材信息,自动读取


测序与扩增一体化


测序完成,自动清洗

极速交付——高质量数据快速交付

SE50快至3.5 hrs


PE75快至11.5 hrs


PE150快至19.5 hrs




案例分享



cfDNA甲基化高保真

当前传统酶转甲基化建库技术运用在cfDNA上时,会出现越靠近插入片段3'端的平均甲基化率越下降的缺陷。竹石生物的酶转建库方法采用优化后的专利建库流程和酶转反应体系,确保了cfDNA片段从头到尾都保持一致的甲基化率,实现了甲基化状态的高保真。

竹石生物推出基于FASTASeq 300测序仪的甲基化整体解决方案

Reads各位置的甲基化率



CpG位点覆盖更多更均匀

竹石生物酶转WGMS相比传统盐转WGBS,在相同测序量下对基因组不同区域的覆盖深度更加均匀,并能覆盖到更多的CpG位点。在相同测序量下,酶转WGMS检测到的CpG位点数比盐转WGBS多10%~20%左右,尤其在CpG岛、启动子区等GC富含区优势明显。对全基因组以及甲基化检测的重点区域的有效覆盖深度,酶转WGMS也远超WGBS。


竹石生物推出基于FASTASeq 300测序仪的甲基化整体解决方案

基因组不同GC含量区域的有效覆盖深度


竹石生物推出基于FASTASeq 300测序仪的甲基化整体解决方案

具有不同覆盖深度的CpG位点数量分布



数据冗余重复低

测序数据中的Duplication可能来自建库过程中的PCR扩增以及测序过程中的光学重复。在将测序Reads比对到参考基因组之后,这些Duplication reads会作为冗余数据被去除掉。该甲基化整体解决方案显示,在相同文库相同测序量的情况下,永利娱场城官网首页入口FASTASeq 300测序仪的Duplication rate显著低于A公司的竞品测序仪结果,可以获得更多的有效数据量。

竹石生物推出基于FASTASeq 300测序仪的甲基化整体解决方案

Duplication rate对比


FASTASeq 300测序仪灵活的测序策略、用户友好及高度自动化的测序操作、快速的测序速度等特性表现突出,为用户节省了项目周转时间,减少了操作失误,深得竹石生物用户的认可。竹石生物已基于永利娱场城官网首页入口测序平台面向高校、科研院所和企业开展了多物种各种样本类型的甲基化测序、扩增子测序等科技服务。相信竹石生物与永利娱场城官网首页入口的合作,将为甲基化研究带来新的视角和工具。

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